Gia đình Wallace mang gốc Scotland-Ireland theo dòng Trưởng lão, di cư từ Ulster, Ireland, tới Pennsylvania. Ông nội của Henry Agard Wallace, cũng tên là Henry Wallace, từng là một mục sư dòng Trưởng lão sở hữu một vùng đớt lớn ở Iowa, và cổ vũ cho việc phát triển "trang trại khoa học". Ông này tham gia vào các hội bảo vệ nông dân và từng là biên tập viên của Iowa Homestead, tớ báo nông nghiệp quan trọng nhất của tiểu bang.[1]

Bố của Henry A. Wallace cũng tên là Henry Cantwell Wallace, một điền chủ, giáo sư đại học, từng làm Bộ trưởng Nông nghiệp Hoa Kỳ dưới thời các Tổng thống đảng Cộng hòa là Warren G. Harding và Calvin Coolidge. Henry Agard Wallace sinh ngày 7 tháng 10 năm 1888 tại một trang trại gần Orient, Iowa, ở Hạt Adair, Iowa,[2] nhưng về sau gia đình chuyển tới Des Moines, Iowa. Mẹ của Wallace, tên thời con gái là May Brodhead, là một người cũng yêu cây trồng và ngoan đạo. Chịu ảnh hưởng của cha mẹ và một sinh viên gốc Phi, nhà thực vật học tương lai George Washington Carver sống tại nhà[3], từ nhỏ Wallace đã tìm hiểu thực vật và từ năm 15 tuổi đã tiến hành thí nghiệm trên các giống cây lai.[4]

Wallace vào học Đại học Tiểu bang Iowa ở Ames, Iowa, tốt nghiệp cử nhân ngành chăn nuôi năm 1910. Ông làm công việc biên tập do tờ báo riêng của gia đình, Wallaces' Farmer ở Des Moines từ 1910 tới 1924 và từ năm 1924 tới 1929 làm tỏng biên tập. Wallace tiến hành thí nghiệm với ngô lai năng suất cao và viết một số lượng bài báo đáng kể về nông nghiệp. Ông phát minh ra biểu đồ tỉ lệ lợn-ngô đầu tiên chỉ ra xu hướng hướng thị trường. Ông cũng nghiên cứu thống kê và đồng tác giả một bài viết quan trong với nhà thống kê học George W. Snedecor về các phương pháp phân tích tương quan và hồi quy[5]

Năm 1914, Wallace cưới Ilo Browne, và năm 1926, được trợ giúp từ khoản tiền thừa kế nhỏ vợ có được, ông lập nên Công ty Ngô Hi-Bred rất thành công và đưa ông thành một triệu phú. Công ty về sau trở thành một tập đoàn nông nghiệp với tên Pioneer Hi-Bred, được Tập đoàn DuPont mua lại năm 1999 với giá xấp xỉ 10 tỷ đô la.